我在手机店租了一部手机，他让我付了4000元的首付，但我的总租金是9000元

针对您提出的问题，如果手机店在收取了4000元首付后，未将其计入总租金9000元中，这可能构成了一种不公平的交易行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，特别是关于合同诚实信用原则的要求（虽未直接提及该原则条款号，但第二百三十三条及民法典其他条款均蕴含此原则），合同双方应基于公平、诚实信用原则进行交易。若手机店的行为导致您承担了超出约定的经济负担，这可能违反了法律规定。建议您先尝试与手机店沟通解决，若不成，可寻求法律途径维护自身权益。
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若您想通过法律途径解决此事，首先尝试与手机店协商，无果后可申请第三方调解。若调解不成，根据合同中的仲裁条款（如有），可申请仲裁。若合同中无仲裁条款或仲裁不成，您可向人民法院提起诉讼，要求手机店按照约定履行租金计算方式。
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从法律角度，确保权益不受损害的关键在于：保留所有与手机店交易的凭证，如收据、合同等；明确租金支付方式及总额，确保手机店遵守约定；若遇纠纷，及时咨询专业法律人士，通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径维权。